休職を命じる場面では，どの休職事由を適用するかによって，休職期間の上限だけでなく，期間が満了したときの効果まで変わることがある。長期欠勤を要件とする号と，会社の判断による号とが併記された規程では，先にどちらを使うかが，後に退職へ至る経路を左右する。以下では，規程の確認事項と，二つの号の接続の問題を整理する。
第１ 会社の規程と本人の適用条件
厚生労働省のモデル就業規則（令和７年１２月版）１６頁は，休職の定義，期間の制限及び復職等について労働基準法に定めはないと説明している。
したがって，同モデルの空欄を埋めた期間が法律上の標準になるわけではなく，まず自社の就業規則，雇用契約及び適用対象を確認する。
労働契約法７条は，合理的な労働条件を定めた就業規則を周知していた場合の契約内容への取込みを定めている。
実務上は，休職事由，必要な欠勤日数，勤続期間による違い，申請又は命令の手続，休職期間及び再休職時の通算規定に加え，休職中の賃金の取扱いと復職手続の適用対象を確認し，今回の事実がどの条項に該当するかを記録しておくのが適切である。
欠勤中の社員に休職者向けの復職条項をそのまま適用できるとは限らないため，休職への移行に命令を要するのか，自動的に移行するのかを確認するとともに，診断書提出や医師面談については健康管理に関する別の条項の有無と適用条件も確認する。
休職事由が複数の号に分かれている場合，どの号を適用するかによって，休職期間の上限だけでなく，期間満了時の効果も変わることがある。長期欠勤を要件とする号については満了時に退職とする一方，会社の判断による号については満了時に復職を命じるものとする規程もあるため，退職に至る経路がどの号を経由するかを，発令の時点で確認する。また，会社の判断による号について満了時に条件を付けずに復職を命じる旨を定める一方，復職の基準を別の条項で列挙している規程では，満了時に基準を満たさず療養がなお必要な場合の扱いが文言上定まらないため，発令の時点でこの点の解釈と理由を整理しておく。
あわせて，会社の判断による号の休職を先に命じると，その期間の不就労は労働義務が免除された状態であって「欠勤」ではないため，長期欠勤を要件とする号の日数が積み上がらなくなることがある。早期に休職を命じるほど後にその号を適用できなくなるという関係が生じ得るので，二つの号の接続を先に確認する。本人が診断書を提出して療養している期間は，休職を命じなくても就労しない状態に変わりはないから，会社の判断による号の休職を先に命じる実益は，主として，その期間中に本人が就業を申し出た場合の取扱いにあり（休職期間中の無給と休業手当の区別参照），休職を命じる時期は，この実益と二つの号の接続の問題とを比べて決めることになる。なお，通知書に規程の文言の読替えを記載しても，就業規則の内容が変わるわけではない。会社の解釈を示すのであれば，その理由も併せて記載する。
長期欠勤を要件とする号の日数を数えるときは，欠勤期間の途中に入った年次有給休暇の日にも注意する。労働基準法３９条６項の労使協定による計画年休日は，協定で対象外としていない限り，私傷病で欠勤中の社員についても年休の日となり，欠勤には当たらないと考えられる。本人が残りの年休を使った日も同様である。そのため，要件を満たす日はその分だけ後ろにずれ得る。規程に数え方の定めがないときは，発令前に数え方を決め，その理由とともに記録しておく。
休職制度の不備が見つかった場合でも，今回の事案に対応するために休職期間を短縮したり，再休職の通算条件や復職要件を不利益に変更したりして，そのまま適用できるわけではない。
労働契約法９条及び１０条により，合意のない就業規則による不利益変更は原則として認められず，例外的に変更が認められるには，変更後の規則の周知に加え，不利益の程度，変更の必要性，内容の相当性及び交渉の状況等に照らした合理性が必要となる。
現在適用される規程とその周知状況を確認する作業と，将来に向けて制度を整備する作業を分け，就業規則の変更では変更しないとした個別合意の有無も確認する必要がある。
東京高裁平成７年８月３０日判決（平成６年（ネ）第２２７５号・富国生命事件）は，復職後に約３か月通常勤務をしていた社員について，未治癒で症状が再燃する可能性があるだけでは当該規則の休職事由に当たらないとして，会社の控訴を棄却した。
この判決は当該就業規則と勤務状況についての判断であり，病気なら休職させられるとも，本人が働きたいと言えば必ず就業させるとも述べていない。
なお，同事件では，会社が業務外の傷病として扱う一方，労働者側は業務起因性を争っていた。事案の位置づけを確認せずに引用すると，争点を取り違えることになる。
１ 再欠勤・再休職の通算と適用する規程
一度復職して再び欠勤・休職した場合には，前後の期間を通算する条件を条文ごとに確認する。「欠勤日数の通算」と「休職期間の通算」は別の定めである。通常勤務を何か月続ければ前の期間を数えなくなるのか，同一又は類似の理由による再欠勤を特別に通算するのか，起算日・終了日と適用する版を確認する。
東京地裁平成２０年１２月１９日判決（平成１８年（ワ）第１９３６８号，野村総合研究所事件，判例秘書Ｌ０６３３２７６１）では，通常勤務による通算の区切りを３か月から６か月とする改定と，同一又は類似の理由による欠勤の通算条項が問題となった。改定当時の必要性，制度及び組合の対応等に基づく固有の検討であり，どの会社でも６か月又は無期限の通算を採用・適用できるという基準ではない。
２ 通算規程の変更と判決の射程
同事件では，旧規程の適用を求める確認請求は，休職中で将来の復職等が不確実であることから確認の利益がないとして却下された。判決は仮にその点を措いても改定は合理的であるとする実体面の判断も示している。請求の却下とその補充的判断を区別し，変更後の規程が全ての将来事例で有効だとしたものとして引用しない。
当該改定は労働契約法施行前の平成１８年のものである。現在，通算の区切りを延ばす等の不利益変更をする場合は，前記の労働契約法９条・１０条に従って周知と合理性を検討する。現在の事件でどの版を適用するかは，改定日・周知日，個別合意，欠勤・休職・復職の経過及び経過措置を対応させて判断する必要がある。
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第３ 出典・参考資料
1 法令
①e-Gov法令検索「労働契約法」７条，９条，１０条
②e-Gov法令検索「労働基準法」３９条
2 裁判例
①東京高裁平成７年８月３０日判決・平成６年（ネ）第２２７５号（富国生命事件）。
判決本文PDF１頁～３頁。
東京地裁平成２０年１２月１９日判決・平成１８年（ワ）第１９３６８号（野村総合研究所事件）。判例秘書掲載本文Ｌ０６３３２７６１の欠勤通算規程及び確認の利益に関する部分。上訴・確定状況は未確認。
3 公的な解説・行政資料
①厚生労働省「モデル就業規則」（令和７年１２月版）１６頁。
規程例と解説であり，各社の就業規則そのものではない。
4 実務書
①野口大『全訂版 労務管理における労働法上のグレーゾーンとその対応』（日本法令，令和５年）１０８頁～１３３頁，２０８頁，２１３頁～２２０頁，２６２頁～２６３頁。
休職時の情報確認，規程・合意及び説明の実務を検討するために参照し，刊行後の法令・指針・裁判例と照合した。
著者の実務上の提案を一律の法的義務とせず，本記事が提案する手順は公開の法令・判決・行政資料を踏まえて記載した。