第１ 本記事の対象と結論
１ 本記事の対象
本記事は，不動産登記を申請する際の登録免許税を，どの方法で，どこで，どのように納めるかを扱う。
税額の計算（課税標準・税率・軽減措置）は扱わない。
調査基準日は令和８年９月２６日である。
条文はe-Gov法令検索で，最高裁判例は裁判所ウェブサイトで確認し，法務省・法務局・国税庁・裁判所の案内は原本を取得して確認した。
２ 結論
①不動産登記の登録免許税は，現金納付，収入印紙による納付及び電子納付のいずれかの方法で納める。
②法律上の原則は現金納付であり，金融機関等で納付書を使って納め，その領収証書を申請書と一緒に登記所へ提出する（登録免許税法２１条）。
③税額が３万円以下の場合などには，収入印紙を貼り付けて提出することで納めることもできる（同法２２条）。
④オンライン申請をした場合は，インターネットバンキング等による電子納付ができる（同法２４条の２）。
⑤登記所の窓口へ現金を持参しても，登録免許税を納めることはできない。
⑥裁判所等が嘱託する登記（仮差押えの登記等）では，収入印紙で納められるのは税額が３万円以下の場合に限られると読め，これを超えるときは納付書で現金納付した領収証書を提出することになる（同法２３条）。
⑦納め過ぎた場合や申請を取り下げた場合は，還付を受けるか，使用済みの印紙等について再使用証明を受けることができる（同法３１条）。
第２ 登録免許税の３つの納付方法
１ 現金納付が原則である
登録免許税法２１条は，登記を受ける者は，登録免許税を国に納付し，その納付に係る領収証書を申請書に貼り付けて登記所に提出しなければならないと定めている。
これが現金納付であり，法律上の原則である。
法務局の案内も，登録免許税は原則として現金で納付するとしている（法務局「登録免許税はどのような方法で納付しなければならないのですか？」（情報番号１３１３））。
２ 収入印紙による納付
登録免許税法２２条は，「当該登記等につき課されるべき登録免許税の額が三万円以下である場合その他政令で定める場合」には，税額に相当する金額の印紙を申請書に貼り付けて提出することにより納付できると定めている。
３万円を超える場合の扱いは，第３で説明する。
３ 電子納付
登録免許税法２４条の２第１項は，電子情報処理組織を使用する方法その他の情報通信の技術を利用する方法であって財務省令で定めるものにより納付できると定めている。
財務省令は，その方法を，登記等の申請又は嘱託を行う場合に登記機関から得た納付情報により納付する方法と定めている（登録免許税法施行規則２３条１項）。
不動産登記では，登記・供託オンライン申請システムで申請すると，収納機関番号，納付番号及び確認番号からなる納付情報が発行され，これを使ってインターネットバンキング，モバイルバンキング又はATMで納付する。
法務局の案内は，オンライン申請の場合には電子納付できるとしている（前記情報番号１３１３）。
書面で申請する場合は，現金納付又は収入印紙による納付によることになると考えられる。
４ クレジットカード等による納付
登録免許税法２４条の３は，クレジットカード等を使い，所管省庁の長が指定した納付受託者に納付を委託する方法を定めている（登録免許税法施行規則２３条の２）。
国税庁は，この方法を「登記や登録等を所管する省庁の長が指定したクレジットカード、電子マネー、ＱＲコード等により納付」する方法と説明した上で，利用できる納付の方法は登記や登録等によって異なるとしている（国税庁タックスアンサーNo.7190）。
例えば，特許庁は，権利の移転等の登録に係る登録免許税について，令和６年１月からクレジットカード納付を始めている。
これに対し，法務局が案内している不動産登記の登録免許税の納付方法は，電子納付，領収証書及び収入印紙である。
本記事の調査では，不動産登記の登録免許税をクレジットカードで納付できるとする法務省・法務局の案内は見当たらなかった。
なお，金融機関又は税務署の窓口での現金納付には，クレジットカードを利用できない（国税庁「G-2-8 現金に納付書を添えて納付（金融機関又は税務署の窓口）」）。
登記所に併設された印紙売場での収入印紙の購入についても，支払方法は現金のみとする法務局の案内がある（東京法務局，松山地方法務局）。
第３ 収入印紙で納付できるのは３万円までか
１ 条文の定め
登録免許税法２２条によれば，税額が３万円以下であれば，収入印紙で納付できる。
３万円を超える場合でも，「政令で定める場合」に当たれば，収入印紙で納付できる。
２ 政令で定める３つの場合
登録免許税法施行令２９条は，「政令で定める場合」として，次の３つを定めている。
①「登記所の近傍に収納機関が存在しないため当該登記所においてつかさどる登記又は登録に係る登録免許税を法第二十一条（法第三十五条第四項の規定により読み替えて適用する場合を含む。）の規定により納付することが困難であると法務局又は地方法務局の長が認めてその旨を当該登記所に公示した場合」
②「登記等につき課されるべき登録免許税の額の三万円未満の端数の部分の登録免許税を納付する場合」
③「前二号に掲げる場合のほか、印紙により登録免許税を納付することにつき特別の事情があると登記機関が認めた場合」
②は，税額のうち３万円に満たない端数の部分に限って印紙を使えるとするものであり，端数以外の部分まで印紙で納めてよいとする規定ではないと読める。
３ 実務の案内との関係
法務局の案内は，「登録免許税の額が３０，０００円以下であるなどの場合」に収入印紙で納付することも認められているとしている（情報番号１３１３）。
一方，法務局が公表している相続登記の案内の中には，税額による区別に触れずに，収入印紙を貼り付けた用紙を申請書と一括してつづるよう案内しているものがある（津地方法務局「相続による所有権移転登記に必要な書類と登録免許税」）。
民間の実務解説の中には，株式会社の設立登記のように３万円を超える登録免許税を，１０万円券等の収入印紙を組み合わせて納める例を示すものもある（GVA 法人登記「登記申請に必要な収入印紙（登録免許税額）」）。
しかし，それが施行令２９条のどの号に当たる取扱いなのかを明らかにした法務省の公式資料は，本記事の調査では確認できなかった。
そのため，３万円を超える税額を収入印紙で納めようとするときは，申請先の登記所に取扱いを確認しておくのが安全である。
第４ 現金納付の手順（納付書と領収証書）
１ どこで納めるか
国税通則法３４条１項は，国税を納付しようとする者は，税額に相当する金銭に納付書を添えて，日本銀行（国税の収納を行う代理店を含む。）又は税務署の職員に納付しなければならないと定めている。
国税庁の案内によれば，窓口で納付できる金融機関は日本銀行歳入代理店であり，税務署の窓口で納付できるのは納税地を所轄する税務署である（国税庁「G-2-8」）。
登録免許税の納税地は，登記の事務をつかさどる登記所の所在地である（登録免許税法８条１項）。
そのため，税務署の窓口で納める場合は，申請先の登記所の所在地を所轄する税務署に納めることになると考えられる。
もっとも，法務省のオンライン申請の案内には「最寄りの税務署など」に現金を納付するよう書かれた箇所もあるので，税務署の窓口で納める場合は，事前に税務署に確認しておくのが安全である。
また，法務局又は地方法務局の長が，その指定する登記所について収納機関を指定した場合は，その登記所で受ける登記の登録免許税は，指定された収納機関に納付しなければならない（登録免許税法施行令２８条１項・２項）。
この指定をしたときは，その旨が登記所に公示される（同条３項）。
登記所の窓口に現金を持参しても，登録免許税を納付することはできない（法務省「不動産登記の電子申請（オンライン申請）について」）。
２ 納付書の入手と書き方
国税庁は，金融機関の窓口で納付する場合には事前に納付書を用意するよう求め，納付書（一般用）が金融機関の窓口に備え付けられていない場合は，所轄の税務署に連絡するよう案内している（国税庁「G-2-8」）。
大阪地方裁判所の不動産執行の案内も，「納付書は，国庫金を扱う銀行または郵便局に備え置かれています。」としている。
国税庁は，既存の納付書をコピーしたものや，会計ソフト等で作成して市販の用紙で印刷したものは，機械処理による読み取りが正しく行えず，納付事実の確認に時間を要するおそれがあるとして，税務署で用意した所定の納付書を使うよう求めている（国税庁「納付書（領収済通知書）の記載要領」）。
同記載要領によれば，税目・税目番号は納付書の裏面を参照して記載し，プリントされている税務署名が所轄税務署であることを確認し，住所・氏名・合計額等を記載する。
令和８年９月下旬以降に税務署の窓口で交付される納付書は，「整理番号」欄（８桁）が「お問い合わせ番号又は法人番号」欄（１３桁）に変わるなどの様式変更がされている。
ただし，整理番号欄がある従来の納付書も，当分の間使用できるとされている（国税庁「G-2-8」）。
３ 領収証書を申請書と一緒に提出する
金融機関又は税務署の窓口で納付すると，領収証書が発行される（国税庁「G-2-8」）。
法務局の記載例は，登録免許税を現金で納付する場合には，その領収証書を貼り付けた用紙を申請書と一括してつづり，つづり目に契印をするよう求めている。
第５ 収入印紙で納付する手順（台紙・消印・契印）
法務局の記載例は，収入印紙で納付する場合には，「収入印紙(割印や消印はしないでください。)」を貼り付けた用紙を申請書と一括してつづり，つづり目に契印をするよう求めている。
収入印紙に自分で消印をしないよう求められているのは，登記機関が納付の事実を確認した上で，申請書の紙面と印紙の彩紋とにかけて消印することとされている（登録免許税法２５条）ためと考えられる。
申請人が２人以上いる場合は，そのうちの１人が契印をすることで差し支えないとする法務局の記載例もある。
誤った額面の収入印紙を買ってしまった場合，汚染又は損傷されていない収入印紙であれば，郵便局で手数料を支払って他の額面の収入印紙と交換できる（日本郵便「よくあるご質問」）。
第６ オンライン申請をした場合の納付
１ 電子納付の方法
オンライン申請をすると，登録免許税の電子納付情報が発行され，申請用総合ソフトの「納付」ボタン又はかんたん登記・供託申請の「電子納付」ボタンから各金融機関のインターネットバンキングに進んで納付できる。
金融機関のインターネットバンキングやPay-easy（ペイジー）対応のATMで，収納機関番号，納付番号及び確認番号を入力して納付することもできる（登記・供託オンライン申請システム「操作ガイド－登録免許税や供託金等の納付」）。
電子納付の手数料はかからないが，金融機関によってはATMやインターネットバンキングの利用手数料が必要となる場合がある（登記・供託オンライン申請システム「FAQ」）。
２ 納付期限は短い
法務省の案内によれば，電子納付する場合の納付期限は，申請情報が登記・供託オンライン申請システムに到達した日の翌日から起算して１日間（行政機関の休日を除く。）である。
例えば，金曜日に申請情報が到達した場合は，翌週の月曜日の終了時が納付期限となる（法務省「不動産登記の電子申請（オンライン申請）について」）。
電子納付後，確認が行われるまでに時間がかかる場合があり，その間に再度納付処理を行うと二重に納付されるおそれがある（登記・供託オンライン申請システム「電子納付による手数料等のお支払いについて」）。
３ 領収証書は発行されない
電子納付による登録免許税の支払については，法令の定めにより領収証書は発行されない（登記・供託オンライン申請システム「FAQ」）。
４ 連件申請の一括納付
令和４年１２月１９日から，オンラインで連件申請を行い，いずれも電子納付する場合には，連件申請に係る登録免許税を一括して納付できるようになった。
一括納付は電子納付の場合に限られ，１枚の登録免許税納付用紙を用いて領収証書又は収入印紙でまとめて納付することはできない（登記・供託オンライン申請システム「連件申請における登録免許税の一括納付について」）。
５ オンライン申請でも領収証書・収入印紙で納付できる
オンライン申請をした場合でも，領収証書又は収入印紙を登記所の窓口に提出又は送付して納付できる。
この場合は，受付番号等を記載した登録免許税納付用紙に領収証書又は収入印紙を貼り付けて，申請先の登記所が定める補正期限内に提出又は送付する。
補正期限内に納付が行われなければ，申請は却下される（登記・供託オンライン申請システム「FAQ」）。
登録免許税納付用紙は，申請用総合ソフト及びかんたん登記・供託申請から印刷できる。
第７ 裁判所等の嘱託による登記の場合
仮差押えの登記や強制競売の開始決定に係る差押えの登記のように，官庁又は公署が登記を受ける者のために登記を嘱託する場合は，登録免許税の納め方が異なる。
登録免許税法２３条１項は，この場合，登記を受ける者は登録免許税を国に納付し，その領収証書を嘱託する官庁又は公署に提出しなければならないと定めている。
同条２項は，登録免許税の額が３万円以下であるときは，官庁又は公署に印紙を提出して納付できると定めている。
同法２２条と異なり，２３条２項には「その他政令で定める場合」という文言がないため，嘱託による登記で印紙が使えるのは，税額が３万円以下の場合に限られると読める。
東京地方裁判所民事第９部（保全部）の案内も，不動産仮差押えについて「登録免許税額が3万円を超えるときは国税納付書の領収証書でお願いします。」としている。
大阪地方裁判所の不動産執行の案内も，「登録免許税は納付書で納付してください(税額が30,000円以下の場合には収入印紙でも可)。」とし，領収証書又は収入印紙（消印不可）をA4判の台紙に貼るよう求めている。
大阪地方裁判所で仮差押命令を得るまでの流れは，大阪地裁で仮差押命令を得るまでの流れ―申立て，債権者面接，担保提供及び午後４時の発令で説明している。
第８ 税額が不足していた場合
１ 登記される前に不足が分かった場合
登記機関は，申請書に記載された課税標準の金額又は税額が法律の規定に従っていなかったとき等は，調査したところにより認定した課税標準の金額又は税額を，登記を受ける者に通知する（登録免許税法２６条１項）。
通知を受けた者は，登記を受けることをやめる場合を除き，遅滞なく差額を納付し，その領収証書を登記所に提出しなければならない（同条２項）。
登記機関が認めるときは，差額に相当する金額の印紙を提出して納付することもできる（同条３項）。
当初の税額を電子納付していたときは，差額も電子納付の方法で納付できる（同条４項）。
オンライン申請の場合は，登記所から「補正のお知らせ」が送信され，補正情報を送信して電子納付するか，登録免許税納付用紙に領収証書又は収入印紙を貼り付けて提出する（法務省「不動産登記の電子申請（オンライン申請）について」）。
登録免許税を納付しないときは，登記官は申請を却下しなければならない（不動産登記法２５条１２号）。
ただし，登記官が定めた相当の期間内に補正したときは，却下されない（同条ただし書）。
２ 登記された後に不足が分かった場合
登録免許税の納期限は，原則として登記を受ける時である（登録免許税法２７条１号）。
納期限後に納付不足が判明したときは，登記機関が納税地の所轄税務署長に通知し（同法２８条１項），税務署長が不足分を登記を受けた者から徴収する（同法２９条１項）。
第９ 納め過ぎた場合・申請を取り下げた場合
１ 登記機関からの通知による還付
登記機関は，次の場合には，遅滞なく，納税地の所轄税務署長に還付に関する通知をしなければならない（登録免許税法３１条１項）。
①登録免許税を納付して申請したが，申請が却下された場合
②登録免許税を納付して申請したが，申請を取り下げた場合
③過大に登録免許税を納付して登記を受けた場合
ただし，①と②については，後記３の再使用証明をした場合を除く。
２ 計算誤りによる過誤納の申出
申請書に記載した課税標準又は税額の計算が法律の規定に従っていなかったこと又は計算に誤りがあったことにより過誤納があるときは，登記を受けた日から５年を経過する日までに，登記機関に申し出て，所轄税務署長への通知をするよう請求できる（登録免許税法３１条２項）。
請求書には，還付を受けようとする銀行又は郵便局の名称及び所在地等を記載する（登録免許税法施行令３１条２項）。
法務局は「還付通知請求・申出書」の様式を公表しており，名古屋法務局は，還付金を申請人が受領する場合と申請代理人が受領する場合のそれぞれについて書式を掲載している。
法務局の記載例（還付金を登記の申請代理人が代理受領する場合）は，添付書類として「還付金の代理受領権限を証する委任状」及び「委任者の印鑑証明書」を挙げている。
相続登記の委任状の記載については，相続させる遺言に基づく相続登記を弁護士が代理する方法―申請人の選び方，添付情報，委任状，登記識別情報及び国籍等の申出で説明している。
３ 再使用証明
申請を取り下げる際に，申請書に貼り付けた領収証書又は印紙で使用済みの旨の記載又は消印がされたものを，同じ登記所での登記に取下げの日から１年以内に再使用したい旨を申し出ると，登記機関は再使用できる旨の証明をすることができる（登録免許税法３１条３項）。
この証明を受けるには，取下げの申出と同時に，再使用したい旨を記載した書類を提出しなければならない（登録免許税法施行令３２条１項）。
再使用証明を受けた領収証書又は印紙に係る登録免許税は，還付されない（登録免許税法３１条３項）。
申請が却下された場合も，登記機関が適当と認めるときは，同じ取扱いがされる（同条４項）。
再使用証明を受けた後に再使用しないこととなったときは，証明のあった日から１年を経過した日までに，証明を無効とし還付を受けたい旨を申し出ることができる（同条５項）。
４ 電子納付をした後に登記をやめた場合
電子納付をした者が登記を受けることをやめる場合は，納付した日から６月を経過する日までに，登記機関に申し出て，所轄税務署長への通知をするよう請求できる（登録免許税法３１条６項）。
納付した日から６月を経過する日までに登記の申請をしなかった場合は，この請求があったものとみなされる（同条７項）。
５ 最高裁判所の判断
最高裁判所第一小法廷平成１７年４月１４日判決（平成１３年（行ヒ）第２５号，民集５９巻３号４９１頁）は，登録免許税法（平成１４年法律第１５２号による改正前のもの）３１条２項について判断した。
同判決は，過大に登録免許税を納付して登記を受けた者は，同項所定の請求の手続によらなくても，国税通則法５６条に基づき，過誤納金の還付を請求することができると判示した。
また，同項に基づく請求に対して登記機関がした拒否通知は，抗告訴訟の対象となる行政処分に当たると判示した。
もっとも，同判決の事案では，納税者の国に対する還付請求を棄却した部分が既に確定していたため，拒否通知の取消しを求める訴えの利益はないとされ，上告は棄却されている。
同判決は改正前の条文を対象としたものであり，当時の３１条２項の請求期間は１年であったが，現行の３１条２項は５年と定めている。
還付金等に係る国に対する請求権は，その請求をすることができる日から５年間行使しないことによって，時効により消滅する（国税通則法７４条１項）。
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⑤mintsの手数料をPay-easyで納付する方法－金額確認・郵便費用相当額・納付期限・還付
第１１ 出典
１ 法令
①e-Gov法令検索「登録免許税法」８条，２１条～２９条，３１条
②e-Gov法令検索「登録免許税法施行令」２８条，２９条，３１条，３２条
③e-Gov法令検索「登録免許税法施行規則」２３条，２３条の２
④e-Gov法令検索「不動産登記法」２５条
⑤e-Gov法令検索「国税通則法」３４条，７４条（いずれも令和８年９月２６日確認）
２ 裁判例
①最高裁判所第一小法廷平成１７年４月１４日判決（平成１３年（行ヒ）第２５号，民集５９巻３号４９１頁）（裁判所ウェブサイト）
３ 法務省・法務局の資料
①法務局「登録免許税はどのような方法で納付しなければならないのですか？」（情報番号１３１３）
②法務省「不動産登記の電子申請（オンライン申請）について」
③登記・供託オンライン申請システム「電子納付による手数料等のお支払いについて」
④登記・供託オンライン申請システム「FAQ（電子納付による手数料等のお支払い）」
⑤かんたん登記・供託申請「操作ガイド－登録免許税や供託金等の納付」
⑥登記・供託オンライン申請システム「連件申請における登録免許税の一括納付について」
⑦法務局公表の登記申請書記載例（氏名の変更の登記，合筆の登記）
⑧津地方法務局「相続による所有権移転登記に必要な書類と登録免許税」
⑨法務局「還付通知請求・申出書」
⑩法務局「記載例（還付金を登記の申請代理人が代理受領する場合）」
⑪法務省「再使用証明申出書」
⑫名古屋法務局「補正，取下げ，還付等について」
⑬東京法務局「登記事項証明書等交付請求、閲覧に関して、手数料のキャッシュレス決済（現金を使わずに支払を済ませる方法）はできますか。」
⑭松山地方法務局「収入印紙ご購入の際のお支払い方法は現金のみです」
４ 国税庁の資料
①国税庁タックスアンサー「No.7190 登録免許税のあらまし」
②国税庁「G-2-8 現金に納付書を添えて納付（金融機関又は税務署の窓口）」
③国税庁「納付書（領収済通知書）の記載要領」
５ 裁判所の案内
①東京地方裁判所民事第９部「保全事件の発令まで」
②大阪地方裁判所「不動産執行申立てに必要な書類等」
６ その他
①特許庁「【令和6年1月より運用開始】登録免許税のクレジットカード納付について」
②日本郵便「誤った額面の収入印紙を購入した場合、他の額面の収入印紙と交換することはできますか？」
③GVA 法人登記「登記申請に必要な収入印紙（登録免許税額）」