第1 この記事が答える問い
沖縄，奄美群島及び小笠原諸島は，なぜ本土と異なる統治を受けたのか。
本記事は，統治の仕組みとその法的根拠に範囲を限る。
領土の帰属そのものは「ポツダム宣言第8項と領土」で扱っている。
第2 本土は間接統治，これらの地域は直接軍政であった
1 沖縄の軍政は本土の降伏より前に始まっている
沖縄における米軍の統治権の行使は，一般命令第一号（1945年9月2日）に先立つ1945年3月末，米海軍軍政府布告第1号による日本の行政権の停止から始まっていた。
これは本土の降伏より前の，交戦中の占領としての性質を帯びる。
2 統治機構が置き換えられた
沖縄の統治は，海軍軍政（1945年から1946年），陸軍軍政（1946年から1950年），琉球列島米国民政府（1950年から1972年）という系譜をたどった。
日本の行政機構は解体され，米側が設置した機構に置き換えられた。
日本政府を存続させ，指令を通じて統治した本土とは，統治権を行使する主体そのものが異なる。
第3 分離の法的根拠――SCAPIN-677号
1 指令の内容
1946年1月29日のSCAPIN-677号は，第1項で日本政府による当該地域への政治上・行政上の権力の行使を停止し，第3項で「日本」の定義から北緯30度以南の琉球諸島，伊豆・南方・小笠原・火山列島等を除外した。
2 ポツダム宣言第8項との関係
同指令の第6項は，この指令の条項が，ポツダム宣言第8項にいう小島嶼の最終的決定に関する連合国側の政策を示すものと解釈してはならない，と明記している。
本土の4島の帰属は第8項自体が確定させていたのに対し，「諸小島」の帰属は同項の文言上，連合国の決定に委ねられて未定であった。
この未確定性が，指令が地域を分離しつつ「最終的な決定ではない」と留保できた法的な足場である。
3 「最終的決定ではない」という留保の意味
したがって，SCAPIN-677号は領土の帰属を決めた文書ではなく，統治の分離を定めた文書である。
同じ指令を竹島の問題との関係で扱ったものとして「SCAPIN-677と竹島」がある。
第4 地域ごとの経過
1 奄美群島
1946年2月2日のいわゆる二・二宣言により分離され，1953年12月25日に返還された。
2 小笠原諸島
同じくSCAPIN-677号により分離され，1968年6月26日に返還された。
統治は一貫して海軍が担当し，沖縄のような住民の自治機構は設けられなかった。
3 沖縄
施政権の返還は1972年である。
返還に至る交渉の経緯は本記事の対象外とする。
第5 平和条約第3条への切替え
1 根拠は変わったが実体は連続した
1952年4月28日の平和条約の発効後は，法的根拠がSCAPIN-677号から平和条約第3条（米国による施政権の継続と信託統治提案の留保）に切り替わった。
しかし，米軍による直接統治という実体は連続している。
2 憲法は「観念的には施行されていた」
政府の見解（2017年2月21日付答弁書）は，沖縄について，日本国憲法は観念的には同地域に施行されていたが，現実には米国が施政権を行使していたため実効性をもって適用されることはなかった，としている。
3 施政権の分離と国籍は別である
復帰前の沖縄の住民の日本国籍は否定されていない。
施政権の分離と，主権に基づく人的な帰属である国籍とは別の問題である。
第6 裁判例
この分野の裁判例としては次のものがある。いずれも裁判所ウェブサイトの裁判例検索で実在・書誌・判示を確認した。
①復帰に伴う特別措置法の合憲性に関する最高裁判所大法廷昭和４８年９月１２日判決（昭和４７年（あ）第２６１３号，刑集２７巻８号１３７９頁）
②最高裁判所大法廷昭和３０年２月２３日判決（昭和２７年（あ）第４３４号，刑集９巻２号３４４頁）
③最高裁判所大法廷昭和３２年１０月９日判決（昭和２５年（あ）第２７７８号，刑集１１巻１０号２４９７頁）
④最高裁判所大法廷昭和３７年１２月１２日判決（昭和２９年（あ）第５６６号，刑集１６巻１２号１６７２頁）
②から④までは，行政分離の期間中に犯した罪について「犯罪後の法令により刑が廃止された」といえるかを扱う。
一見すると結論が食い違うが，これは判例変更による。
②は，奄美群島が外国とみなされていた当時の密輸出入の罪について，その後に同地域が復帰して外国とみなされなくなっても，刑の廃止があったとはいえないとした。
③は，この点に関する②を含む7件の大法廷判例を明示的に変更し，犯罪後の法令により刑が廃止されたものと解すべきであるとした（6裁判官の反対意見がある）。
④は，変更後の③を先例として引用し，徳之島について刑の廃止を認めて免訴とした。
したがって，②を現在も通用する判例として引用してはならない。
また，①から④までは，いずれも同じ日に複数の大法廷判決が言い渡されており，事件番号を付さなければ特定できない。
第7 出典・参考資料
①SCAPIN-677号（1946年1月29日）
②米海軍軍政府布告第1号（1945年3月末）
③日本国との平和条約第3条（1952年4月28日発効）
④2017年2月21日付政府答弁書
⑤上記各裁判例。裁判所ウェブサイトの裁判例検索で確認した。
①https://www.courts.go.jp/hanrei/51050/detail2/index.html
②https://www.courts.go.jp/hanrei/54696/detail2/index.html
③https://www.courts.go.jp/hanrei/51236/detail2/index.html
④https://www.courts.go.jp/hanrei/56928/detail2/index.html