第１ 敷金の差引額だけで消費税を決めない
事務所・店舗を退去するときは，敷金から引かれた金額を一括して「敷金償却」や「損害金」と扱わず，未払賃料，原状回復工事の対価，契約上の返還不要部分及び実際に返還される残額に分ける必要がある。
消費税は，精算後の入出金額だけでなく，それぞれが何の対価であるかによって判断する。
本記事は国内の事業用建物の賃貸借を対象とし，令和８年１０月１４日に確認した法令と，令和８年４月１日現在の国税庁公表資料に基づく。
敷金の回収可能性を確保する弁護士の検討と，その精算を税区分に分ける税理士の検討は，精算書の同じ内訳を共有して進めることが重要である。
住宅家賃，土地のみの貸付け，国外取引には別の取扱いがあるため，本記事の事業用家賃の説明をそのまま当てはめない。
第２ 返還される敷金と返還不要部分
国税庁タックスアンサーNo.6225は，契約終了により返還される敷金・保証金を，資産の譲渡等の対価に該当しないものとして課税対象外としている。
この意味での不課税は，住宅の貸付け等に設けられた非課税とは区別される。
一方，事業用建物の契約締結・更新に伴う保証金等のうち返還しないものは，権利設定の対価として課税対象とされる。
ただし，貸主の倒産で返還を受けられなくなった敷金を，それだけで契約上の返還不要部分と扱うことはできない。
返還しない合意があるのか，返還債務が履行されないのかを，契約書と債権の内容から分ける必要がある。
第３ 未払賃料と原状回復費への充当
１ 未払賃料への充当
事務所等の建物の家賃は，国税庁No.6225では課税対象とされている。
敷金をその未払賃料に充当する場合も，元の建物貸付けの対価としての性質を確認し，敷金からの支払であることだけを理由に不課税としない。
これは，敷金交付時には対価性がないという取扱いと，充当先の賃料取引の税区分とを分けた整理である。
賃料の請求月，計上済額，入金・充当履歴及び消費税の処理を照合し，同じ賃料を精算時に再び売上げとして二重計上しないようにする。
税額，取引時期及び借主側の仕入税額控除は，貸主・借主の課税関係や保存書類も踏まえて個別に確認する。
２ 原状回復工事費
国税庁No.6261は，借主に代わって貸主が原状回復工事を行い，保証金等から工事費相当額を差し引く場合を，貸主から借主への役務提供の対価として課税対象としている。
「原状回復費」や「損害金」という名目だけで判断せず，誰が誰に代わってどの工事を行ったかを確認する。
同資料は，中途解約による逸失利益の補填として受け取る違約金を，損害賠償金として課税対象外としている。
工事を伴わない損害の賠償，工事の対価及び建物を使い続けた対価を一括せず，合意書の内訳と実態を対応させる必要がある。
原状回復義務の有無や負担範囲という民事上の問題も，消費税の判定とは別に検討する。
第４ 精算書で分ける項目
| 項目 | 消費税の確認 | 併せて残す資料 |
|---|---|---|
| 返還される敷金残額 | 対価性がなく課税対象外であることを確認する。 | 敷金預り証，精算書，返還記録。 |
| 事業用建物の未払賃料への充当 | 元の家賃取引の課税関係と，計上・充当済額を照合する。 | 契約書，各月の請求書，充当明細。 |
| 貸主が借主に代わって行う原状回復工事 | 役務提供の対価として課税対象となる場合を確認する。 | 工事内容，見積書，施工記録，精算合意。 |
| 契約上返還しない保証金等 | 事業用建物の権利設定の対価に当たるかを確認する。 | 償却・返還不要条項，更新契約。 |
| 倒産等で返還されない敷金 | 契約上の返還不要部分とは分け，元の債権の性質を確認する。 | 債権届出，計画・配当資料，回収履歴。 |
例えば，敷金３００万円から未払賃料６０万円と原状回復工事費４０万円を差し引き，２００万円を返還する精算では，３００万円又は差引額１００万円だけを一括して税区分に振り分けない。
家賃の対象期間，工事の内容，それぞれの税込・税抜の合意，既計上額及び返還額を別々に記録する。
ここでの金額は内訳を示す例であり，消費税額や仕入税額控除額を確定する例ではない。
第５ 貸主の倒産と貸倒れの税額調整
消費税法３９条と国税庁No.6367の貸倒れに係る税額調整は，課税資産の譲渡等に係る売掛金その他の債権を対象とする。
このため，対価性のない敷金の返還請求権が回収不能になったことだけを理由に，その敷金額について同条の控除を受けることはできないと整理される。
これは同条の対象とNo.6225の敷金の取扱いを組み合わせた説明であり，敷金専用の国税庁回答を引用したものではない。
反対に，貸主側の課税家賃の未収債権が貸倒れとなる場合は，元の課税取引，回収不能となった額，法定の貸倒事実及び事実を証する書類の保存を確認して検討する。
未収額があるというだけで控除できるわけではなく，敷金充当等によって消滅した部分も切り分ける。
法人税・所得税の貸倒損失の可否や計上時期は，消費税とは別の要件による。
賃貸人の民事再生では，民事再生法９２条３項により敷金返還請求権の一部が共益債権となるかという回収上の問題もある。
共益債権か再生債権かという順位・弁済方法の区分だけで，消費税の課税取引かどうかが決まるわけではない。
第６ 弁護士と税理士が共有する資料
精算に先立ち，賃貸借契約・変更合意，敷金の交付記録，未払賃料の月別表，原状回復の負担根拠・施工内容及び計上済額をそろえる。
精算書や和解条項には，各債権の名目だけでなく，対象期間，工事等の内容，金額，税込・税抜の扱い，充当順序及び最終返還額を記載する。
包括的な清算条項を置く場合も，消費税の判断に必要な内訳資料を残すことが実務上の提案である。
倒産事件では，申立日・開始決定日，実際の賃料弁済日，相殺通知，明渡日，計画認可・配当及び回収記録も併せて共有する。
弁護士が確認した回収権の内容と，税理士が確認した元の取引・計上時期が食い違わないように照合する。
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第８ 出典と確認範囲
①国税庁No.6225「地代，家賃や権利金，敷金など」：家賃及び権利金・敷金の取扱い。
②国税庁No.6261「建物賃貸借契約の違約金など」：中途解約違約金及び保証金等から差し引く原状回復工事費。
③国税庁No.6367「貸倒れに係る税額の調整」：対象債権，貸倒事実及び保存要件。
法令はe-Gov法令検索の消費税法４条・３９条，民法６２２条の２及び民事再生法９２条を確認した。
国税庁資料は行政の公表取扱いであり，個別事件の判決ではない。
本記事は消費税の区分と資料整理を扱い，個別の申告税額，仕入税額控除の詳細及び法人税・所得税の貸倒損失を確定するものではない。