第１ この記事の対象と結論
日本の会社からチェコへ派遣される人が，チェコの現地会社とも雇用契約を結ぶ場合に，社会保障協定のもとでチェコの制度への加入が免除されるかを整理する。
日本とチェコの社会保障協定は２００９年６月に発効し，２０１８年８月１日に改正議定書が発効した。
日本年金機構の案内によれば，改正後は，チェコ国内に事業所を有する雇用者と雇用契約を結んでいても，日本国内の事業所の指揮の下にある場合は，チェコ側との個別協議なしに適用証明書が発給される。
派遣前に，日本年金機構へ適用証明書の交付を申請する。
派遣の共通の手続は，別記事の海外赴任の社会保障協定―適用証明書の申請・延長と帰任手続で扱う。
第２ ２０１８年８月１日以後に派遣される場合
日本年金機構の案内によれば，派遣される被用者の手続は，次の二つに分かれる。
① チェコ国内に事業所を有する雇用者と雇用契約を結んでいない場合（協定第７条１(a)）は，従来どおり，個別協議なしに適用証明書が発給される。
② その雇用者と雇用契約を結んでいるが，日本国内の事業所の指揮の下にある場合（協定第７条１(b)）は，２０１８年８月１日以後，個別協議なしに適用証明書が発給される。
「日本国内の事業所の指揮の下にある場合」とは，派遣元である事業所が，一時派遣被用者の人事管理などの措置を講じる権限を有する状態をいう。
派遣前に，①又は②に基づいて日本年金機構へ適用証明書の交付を申請する。
適用証明書の発給には，これら以外の条件も満たす必要があり，たとえば派遣期間が５年を超えないと見込まれることが挙げられている。
適用証明書には，どちらの場合も従来どおり「第７条１」に該当するものとして記載される。
証明書に記載された派遣期間中に①から②へ（又はその逆に）状況が変わっても，新たな交付申請は必要ない。
第３ ２０１８年７月３１日以前から派遣されている場合
日本年金機構の案内によれば，改正議定書の発効前に適用証明書の交付を受けている場合は，発効後も引き続き有効である。
発効前から派遣されているが，証明書の交付を受けていない又は協議中の場合で，チェコ国内の雇用者と雇用契約を結んでいるときは，発効後の派遣期間について，期間を二つに分けて申請する。
① ２０１８年７月３１日以前の期間は，協定第１０条に基づき，チェコ側と個別協議を行った上で証明書が発給される。
② ２０１８年８月１日以後の期間は，①の協議にかかわらず，協定第７条１(b)に基づきチェコの制度が免除される。
②の期間について，一時派遣期間の上限である５年の起算点は，改正議定書の発効日ではなく，発効日より前の派遣開始日である。
第４ 延長と同行家族
５年を超えて派遣期間を延長する場合は，予見できない事情や，企業・被用者に重大な困難を及ぼす特別の事情があり，両国が個別に判断して合意したときに，原則として３年を超えない期間，派遣元の制度にのみ引き続き適用される。
延長が認められなかったときは，当初の派遣から５年以降，派遣先の国の制度にのみ適用される。
協定第７条１による証明書を持つ人は第７条２に基づき，第１０条による証明書を持つ人は第１０条に基づき，それぞれ延長を申請する。
チェコの制度のみに加入する人に随伴する配偶者と子は，チェコの健康保険制度に加入することになる。
これには，チェコで現地採用された人や，日本から５年を超える見込みで長期派遣される人が含まれる。
第５ 出典
日本年金機構「社会保障協定」
協定を結んでいる国との協定発効時期および対象となる社会保障制度｜日本年金機構
協定相手国別の注意事項（チェコ）｜日本年金機構