目次第１ 最高裁判所の公式見解第２ 所得税法及び所得税基本通達の条文
１ 所得税法の条文
２ 所得税基本通達の条文
第３ 旅費及び移転給付金の一般的な支給額等
１ 旅費（交通費，日当及び日額旅費）
２ 移転給付金
第４ 旅費及び移転給付金について課税関係は発生しないこと
１ 総論
２ 所得税法９条１項４号の条文
３ 導入修習参加のための旅費及び移転給付金の取扱い
４ 導入修習参加のためのものを除く，旅費及び移転給付金の取扱い
第５ 関連記事その他
第１ 最高裁判所の公式見解
１ 最高裁判所としては，司法修習生に対して支給する旅費（交通費及び日当）並びに移転給付金は，実費弁償性があり，雑所得には該当しないと考えているため，源泉徴収をしていません。
２ ７３期までの修習給付金案内には記載されていませんが，修習給付金案内（７４期）１８頁（PDF２２頁）には「移転給付金は，確定申告の対象外」と記載されています。
R021027 答申書（司法修習生に支給される旅費（交通費及び日当）の税務上の取扱いが分かる文書）を添付しています。 pic.twitter.com/rmCamNBP1W
— 弁護士 山中理司 (@yamanaka_osaka) November 14, 2020
R021027 答申書（司法修習生に支給される移転給付金の税務上の取扱いが分かる文書）を添付しています。 pic.twitter.com/UyLzeUdNQy
— 弁護士 山中理司 (@yamanaka_osaka) November 14, 2020
第２ 所得税法及び所得税基本通達の条文１ 所得税法の条文
所得税法
９条１項４号は，「給与所得を有する者が勤務する場所を離れてその職務を遂行するため旅行をし、若しくは転任に伴う転居のための旅行をした場合又は就職若しくは退職をした者若しくは死亡による退職をした者の遺族がこれらに伴う転居のための旅行をした場合に、その旅行に必要な支出に充てるため支給される金品で、その旅行について通常必要であると認められるもの」は非課税所得に該当すると定めています。
２ 所得税基本通達の条文
所得税基本通達９－３は，「法第9条第1項第4号の規定により非課税とされる金品は、同号に規定する旅行をした者に対して使用者等からその旅行に必要な運賃、宿泊料、移転料等の支出に充てるものとして支給される金品のうち、その旅行の目的、目的地、行路若しくは期間の長短、宿泊の要否、旅行者の職務内容及び地位等からみて、その旅行に通常必要とされる費用の支出に充てられると認められる範囲内の金品をいう」と定めています。
提出書類確認スケジュール（第７３期修習給付金）
第３ 旅費及び移転給付金の一般的な支給額等
１ 旅費（交通費，日当及び日額旅費）
(1) 総論
ア 司法修習生に対して旅費が支給されるケースとしては，①導入修習に参加するために移動する場合，分野別実務修習に参加するために移動する場合，集合修習に参加するために移動する場合及び選択型実務修習に参加するために移動する場合，並びに②実務修習において各種施設の見学等に参加する場合があります。
イ 各種施設の見学等のための近距離の移動の場合には交通費だけが支給され，それ以外の移動の場合には交通費及び日当（①の場合），又は日額旅費（②のうち，全国プログラムに参加する場合）が支給されます。
(2) 交通費
ア 交通費は，原則として，最も経済的な通常の経路及び方法により旅行した場合の旅費により計算された金額で支給されるものです（国家公務員等の旅費に関する法律６条２項ないし５項，及び７条）。
イ 司法修習生に対する交通費の金額は，最も経済的な通常の経路及び方法として鉄道，航空機等を利用した場合において実際に負担した運賃です。
(3) 日当
ア 日当は，１日当たりの定額で支給されるものです（国家公務員等の旅費に関する法律６条６項及び２０条）。
また，旅費業務に関する標準マニュアルVer.2-0（２０１６年１２月の各府省等申合せ）１０頁及び１１頁によれば，おおむね半額は目的地内を巡回する場合の交通費（「目的地内巡回交通費」といいます。）に充てるものとされ，残り半額は諸雑費（旅行中の昼食代や官署との電話代等）に充てるものとされています。
イ 司法修習生に対する日当の金額は，国家公務員等の旅費に関する法律別表第一に定める日当（二級の職務）の定額１７００円の半分となる８５０円です。
これは，鉄道賃等を実費支給される関係で，目的地内巡回交通費を支給されないためと思われます（令和２年１月３０日付の開示文書参照）。
(4) 日額旅費
ア 日額旅費（国家公務員等の旅費に関する法律２６条１項）は，交通費（宿泊先から修習先までの分），宿泊料及び日当に代えて支給されるものです（国家公務員等の旅費に関する法律６条１５項参照）。
また，旅費業務に関する標準マニュアルVer.2-0（２０１６年１２月の各府省等申合せ）１６頁によれば，日額旅費には一般業務日額旅費及び研修日額旅費があるところ，司法修習生に対する日額旅費は研修日額旅費（国家公務員等の旅費に関する法律２６条１項２号）です。
イ 司法修習生の場合，選択型実務修習（全国プログラム又は自己開拓プログラム）に参加する場合に支給されるものです。
ウ 司法修習生に対する日額旅費の金額は，旅館に宿泊する場合（旅館業法２条２項及び３項の旅館業の用に供する宿泊施設に宿泊する場合），１日当たり５９１０円であり，下宿その他これに準ずる宿泊施設に宿泊する場合（例えば，旅館業法の許可を受けていないウィークリーマンションや，カプセルホテル，寮，民泊等に宿泊する場合），１日当たり３２６０円であると思います（研修等の旅行の日額旅費について（平成３１年３月１５日付の最高裁判所経理局長の通達）参照）。
２ 移転給付金
(1)ア 移転給付金は，裁判所法６７条の２第５項に基づき，赴任に伴う居住所の移転が行われた場合に支給される旅費（いわゆる引越代）であり，距離区分等に応じた定額を支給されるものであって，国家公務員等に対する移転料（国家公務員等の旅費に関する法律６条９項及び３６条）に相当するものです。
実際，６７期ないし７０期の司法修習生に対しては，「移転料」という名前で引越代が支給されていました（「司法修習生に対する修習資金等の状況のあらまし」参照）。
イ 国家公務員の場合，着後手当（採用又は転任により居住地の移転が行われた場合に新居住地に到着後の諸雑費に充てるために支給される旅費）を支給される（国家公務員等の旅費に関する法律６条１０項及び３７条）のに対し，司法修習生の場合，着後手当に相当する手当を支給されません。
そのため，新居住地に到着後の諸雑費については，基本給付金に対する必要経費として主張できるかもしれません。
(2)ア 司法修習生に対する移転給付金の金額は，国家公務員等の旅費に関する法律２３条１項及び別表第二・２項に定める移転料（二級の職務）の半分（赴任の際に扶養親族を移転しない場合に関する同法２３条１項２号参照）と同じ額を支給されるものです。
イ 移転給付金の具体的な金額は，移転距離に応じて以下のとおりです（司法修習生の修習給付金の給付に関する規則１０条及び別表）。
鉄道 ５０ｋｍ未満： ４万６５００円
鉄道 ５０ｋｍ以上 １００ｋｍ未満： ５万３５００円
鉄道 １００ｋｍ以上 ３００ｋｍ未満： ６万６０００円
鉄道 ３００ｋｍ以上 ５００ｋｍ未満： ８万１５００円
鉄道 ５００ｋｍ以上１０００ｋｍ未満：１０万８０００円
鉄道１０００ｋｍ以上１５００ｋｍ未満：１１万３５００円
鉄道１５００ｋｍ以上２０００ｋｍ未満：１２万１５００円
鉄道 ２０００ｋｍ以上：１４万１０００円
大阪はA班で距離もある割には移動にそんなにコストかからないから、移転給付金かなりもらえてるんだけど、B班はすごい不利益受けてるっぽいね。司法研修所にはなんとかしてほしい。 https://t.co/t0hBP5JA8E
— ガツ (@naranoshika_) February 29, 2020
第４ 旅費及び移転給付金について課税関係は発生しないこと１ 総論
(1) 「修習給付金案内」には，旅費（交通費，日当及び日額旅費），並びに移転給付金について確定申告が必要であるなどとは書いてありません。
そのため，司法研修所としては，旅費（交通費，日当及び日額旅費），並びに移転給付金について課税関係は発生しないと考えていると思います。
(2) 公務のための旅行について旅費を支給する法律である国家公務員等の旅費に関する法律（同法１条参照）が，司法修習生が二級の職務に相当するとした上で，司法修習生に準用されています（内国旅行の旅費について（昭和６１年９月１２日付の最高裁判所事務総長依命通達）１（１）及び別表第１）。
そのため，司法修習生としての採用は所得税法９条１項４号の「就職」に当たり，司法修習生としての司法修習は同号の「職務」に当たると思います。
(3)ア 交通費は，所得税基本通達９－３の「運賃」に該当すると思います。
イ 日当は，所得税基本通達９－３の「運賃等の支出」に該当すると思います。
ウ 研修日額旅費は，所得税基本通達９－３の「運賃，宿泊料等の支出」に該当すると思います。
エ 移転給付金は，国家公務員等に対する移転料と同趣旨で支給されるものですから，所得税基本通達９－３の「移転料」に該当すると思います。
(4) 司法修習生に対する旅費及び移転給付金は，その金額規模からすれば，所得税基本通達９－３の「その旅行に通常必要とされる費用の支出に充てられると認められる範囲内の金品」に該当すると思います（旅費につき令和元年１１月２５日付の理由説明書，移転給付金につき令和元年１２月９日付の理由説明書参照）。
２ 所得税法９条１項４号の条文
所得税法９条は柱書で「次に掲げる所得については、所得税を課さない。」と定めていますところ，同条１項４号は以下のとおりです。
給与所得を有する者が勤務する場所を離れてその職務を遂行するため旅行をし、若しくは転任に伴う転居のための旅行をした場合又は就職若しくは退職をした者若しくは死亡による退職をした者の遺族がこれらに伴う転居のための旅行をした場合に、その旅行に必要な支出に充てるため支給される金品で、その旅行について通常必要であると認められるもの
３ 導入修習参加のための旅費及び移転給付金の取扱い
導入修習参加のための旅費（交通費及び日当）並びに移転給付金は，「就職をした者が就職に伴う転居のための旅行をした場合」に支給されるお金ですし，所得税法９条１項４号の条文上，「給与所得を有する者」に支給したものに限定されているわけではありませんから，所得税法９条１項４号に基づき非課税所得であると思います。
４ 導入修習参加のためのものを除く，旅費及び移転給付金の取扱い
(1) 旅費
司法修習生は「給与所得を有する者」に該当しないとはいえ，司法修習生に対する交通費及び日当（導入修習参加のためのものを除く。）並びに日額旅費は，給与所得を有する他の裁判所職員と同じように，国家公務員等の旅費に関する法律等に準じて支給されるものです（「内国旅行の旅費について」（昭和６１年９月１２日付の最高裁判所事務総長の依命通達）参照）から，所得税法９条１項４号類推適用に基づき非課税所得になると思います。
(2) 移転給付金
司法修習生は「給与所得を有する者」に該当しないとはいえ，司法修習生に対する移転給付金（導入修習参加のためのものを除く。）は，国家公務員等に対する移転料と同趣旨で支給されるものですから，所得税法９条１項４号類推適用に基づき非課税所得になると思います。
５ 大阪国税局の見解
司法修習生としての採用は就職ではないため，所得税法９条１項４号の適用はないものの，旅費及び移転給付金については，収入と経費が一致し，結果として課税対象とはならないとしています（「修習給付金の課税関係に関する大阪国税局の見解」参照）。
第５ 関連記事その他
１ 転勤族のバイブルブログに，「【傾向と対策】国家公務員の赴任旅費（移転料）が実費に！金額変わる」が載っています。
２(1) 以下の資料を掲載しています。
・ 司法修習生に対する分野別実務修習参加のための移転料支給事務Q&A
(2) 以下の記事も参照してください。
・ 修習給付金に関する司法研修所の公式見解を前提とした場合の，修習給付金に関する取扱い
・ 司法修習生の司法修習に関する事務便覧
・ 司法修習生の旅費に関する文書