目次
第１ 修習給付金の税務上の取扱いについて争いたい場合の流れ
１ 所得税関係
２ 住民税及び国民健康保険料関係
第２ 取消訴訟の管轄裁判所等
第３ 修習給付金に関する司法研修所の公式見解が絶対ではないと思われること
第４ 国税不服審判所及び税理士関係の資料
第５ 関連記事その他
第１ 修習給付金の税務上の取扱いについて争いたい場合の流れ
１ 所得税関係
(1) 修習給付金が必要経費を伴う雑所得であることを前提として，平成３１年３月１５日（金）の法定申告期限までに確定申告をする（所得税法１２０条１項柱書）。
・ 所得税の納税地は，原則として，確定申告書を提出する際の自分の住所地です（所得税法１５条１号）から，自分の住所地を所轄する税務署長（国税通則法２１条１項）に確定申告書を提出する必要があります。
・ 確定申告書は，国税庁ＨＰの「確定申告書等作成コーナー」で作成できます。
・ 修習給付金が非課税所得であることを前提として確定申告をした場合，更正の請求の理由（国税通則法２３条１項各号）がないため，更正の請求ができません。
・ 確定申告書を税務署に郵送した場合，発送した日を提出日とみなしてもらえます（国税通則法２２条）。
・ 確定申告書を提出する際，①マイナンバーの記載及び②本人確認書類の提示又は写しの添付が必要となります（国税庁ＨＰの「確定申告が間違っていたとき」参照）。
・ 通知弁護士が確定申告の税務代理をする場合，(a)委任状（通知弁護士の場合，記載事項が異なるために税務代理権限証書を使いにくいですし，私の経験では，適宜の書式の委任状でも税務署に受理してもらえます。），(b)税理士業務開始通知受領書のコピー及び(c)納税者本人のマイナンバーの記載がある住民票（本人の記載だけでいいですし，本籍地の記載も不要です。）を添付すればいいのであって，納税者本人の運転免許証のコピーといった本人確認書類は不要です（国税庁ＨＰの「本人確認に関するＦＡＱ」のＱ１－６参照）。
・ 国税庁HPに「国税局長に通知を行った弁護士」が載っています。
(2) 平成３１年３月１５日（金）の法定申告期限が過ぎた直後，税務署長に対し，修習給付金は学資金として非課税所得に該当するし，少なくともより多くの必要経費を伴う雑所得であることを前提に，所得税及び復興特別所得税について更正の請求をする。
・ 更正の請求書は，国税庁ＨＰの「確定申告書等作成コーナー」の「新規に更正の請求書・修正申告書を作成する」（直接のリンクを張れませんが，リンク先の最下部にあります。）で作成できます。
また，国税庁ＨＰの「［手続名］所得税及び復興特別所得税の更正の請求手続」には「取引の記録に基づき請求の理由の基礎となる事実を記載した書類を1部提出してください。」と書いてあるほか，「平成 年分所得税及び復興特別所得税の更正の請求書・書き方【平成29年分以降用】（PDF/1,136KB）」等が載っています。
・ 松本寿一税理士事務所HPに「所得税の更正の請求書 平成２９年分」等の記載例が載っています。
・ 更正の請求自体は，法定申告期限から５年以内であれば可能です（国税通則法２３条１項）。
そのため，他の元司法修習生が提起した審査請求又は取消訴訟の結果を待った上で，更正の請求をすることもできます。
・ 法定申告期限内に更正の請求書を提出した場合，正しい計算に基づいて作成した新たな確定申告書を提出してくれと税務署にいわれるだけで終わるかもしれません（所得税基本通達１２０－４参照）。
ただし，例年，国税庁ＨＰの「確定申告書等作成コーナー」で更正の請求書を作成できるようになるのは法定申告期限が経過した直後です。
・ 更正の請求書を提出する際，①マイナンバーの記載及び②本人確認書類の提示又は写しの添付が必要となります（国税庁ＨＰの「確定申告が間違っていたとき」参照）。
・ 国税通則法２３条３項は「更正の請求をしようとする者は、その請求に係る更正前の課税標準等又は税額等、当該更正後の課税標準等又は税額等、その更正の請求をする理由、当該請求をするに至つた事情の詳細その他参考となるべき事項を記載した更正請求書を税務署長に提出しなければならない。」と定めています。
・ 「更正の請求」の処理件数は，３１万２０００件（平成２５年度），３６万７０００件（平成２６年度），３７万８０００件（平成２７年度），４０万件（平成２８年度），４１万３０００件（平成２９年度）というように推移し，「更正の請求」の３ヶ月以内の処理件数割合は，平成２９年度でいえば，９８．１％です（財務省ＨＰの平成２９年度国税庁実績評価書の「実績目標（小）１－１(税務行政の適正な執行)(PDF:466KB)」のＰＤＦ２頁（末尾２０頁）参照）。
・ 更正の請求が認められた場合における還付加算金（平成３１年分の利率は１．６％であることにつき国税庁ＨＰの「延滞税の割合」参照）は，①更正の請求があつた日の翌日から起算して三月を経過する日と②当該更正があった日の翌日から起算して一月を経過する日とのいずれか早い日を起算日として発生します（国税通則法５８条１項２号）。
(3) 「更正の請求に対してその更正をすべき理由がない旨の通知書」（国税通則法23条4項）を税務署長が出した場合，税務署長に対する再調査の請求（国税通則法８１条）で決定が覆ることはありえないと思われることにかんがみ，３か月以内に国税不服審判所長に対する審査請求をする（審査請求前置につき国税通則法１１５条１項）。
・ 国税不服審判所HPの「不服申立手続等」が参考になります。
・ 国税不服審判所HPの「提出書類一覧」には，「審査請求書」用紙，「審査請求書」の書き方，「審査請求書作成・提出時のセルフチェックシート」用紙，「代理人の選任（解任）届出書」用紙等が載っています。
・ 国税不服審判所は，国税通則法の一部を改正する法律（昭和４５年３月２８日法律第８号）に基づき，昭和４５年５月1日に設置されました。
・ 国税不服審判所は，国税庁の「特別の機関」（国家行政組織法８条の３）であり，東京（霞が関）にある本部のほか，全国に１２箇所の支部（札幌，仙台，関東信越，東京，金沢，名古屋，大阪，広島，高松，福岡，熊本，沖縄）及び７箇所の支所（新潟，長野，横浜，静岡，京都，神戸，岡山）があります（支部につき国税通則法７８条３項参照）。
・ 審査請求は，正副各１通の審査請求書を原処分庁の管轄区域を管轄又は分掌する国税不服審判所の支部に提出することで行います（国税通則法施行規則１２条１項参照）。
例えば，兵庫県内の税務署長が原処分庁である場合，大阪国税不服審判所に審査請求書を提出することとなります。
・ 審査請求は，審査請求に係る処分をした税務署長を経由してすることもできます。この場合，審査請求書は原処分庁としての税務署長に提出すればいいです（国税通則法８８条１項）。
・ 平成２８年４月以降，白色申告者であっても直接，国税不服審判所長（国税通則法７８条２項）に対する審査請求ができるようになりました。
・ 審査請求人等の審理関係人（国税通則法９２条の２）は，原則として，職権収集証拠も含めて証拠書類の閲覧謄写ができます（国税通則法９７条の３）。
ただし，担当審判官が，審査請求人又は関係人その他参考人に対して行った質問の供述調書の閲覧謄写は認められていません（国税通則法９７条の３第１項中，９７条１項の２号だけが引用され，１号は除外されています。）。
・ 審査請求人は，担当審判官（主担当の審判官）との面談（「請求人面談」といいます。）ができますし，口頭意見陳述の申立て（国税通則法９５条の２）をすれば，原処分庁の担当者が出席する場において，担当審判官の許可を得て，処分の内容や理由などについて原処分庁に質問することができます（国税不服審判所HPの「Ｑ）口頭で意見を陳述できるの？」，及び「口頭意見陳述の申立てをされた方へ」参照）。
・ 国税不服審判所長は，担当審判官及び通常２人の参加審判官（国税通則法９４条１項参照）の合議による議決（過半数の意見によることにつき国税通則法施行令３６条）に基づき，法令解釈の統一性が確保されているか，文書表現は適正かなどの審査を行った上で，裁決を出します（国税通則法９８条４項）。
ただし，権限の委任等を定める国税通則法１１３条・国税通則法施行令３８条１項で明記されているわけではありませんが，内部的には，支部の首席国税審判官（国税通則法７８条４項）に裁決権が委任されています（国税不服審判所における行政文書の決裁委任及び発信者名義等の取扱規則８条１号）。
・ 国税審判官（任命資格につき国税通則法施行令３１条）は，国税不服審判所長に対してされた審査請求に係る事件の調査及び審理を行ない，国税副審判官は，国税審判官の命を受け，その事務を整理します（国税通則法７９条２項）。
ただし，国税副審判官のうち国税不服審判所長の指名する者は，国税審判官の職務を行うことができますが，担当審判官になることはできません（国税通則法７９条３項）。
・ 国税審査官は，国税審判官の命を受けて，その事務を整理します（国税不服審判所組織規則３条２項）。
・ 税務署長等は，国税不服審判所長の裁決を不服として訴訟を提起することはできません（国税通則法１０２条１項参照）し，国税不服審判所の裁決は，税務署長等が行った処分より審査請求人にとって不利益となることはありません（国税通則法９８条３項ただし書）。
・ 国税不服審判所長は，国税庁長官通達に示された法令解釈と異なる解釈により裁決をすることができます（国税通則法９９条参照）。
この場合，国税不服審判所長が自らその権限を行使することとなります（国税通則法施行令３８条２項，並びに国税不服審判所における行政文書の決裁委任及び発信者名義等の取扱規則４条１号）。
・ 国税不服審判所は，税務署長の処分が不当であることを理由に取り消すことがあります（国税不服審判所平成２２年１２月１日裁決参照）。
・ 国税不服審判所長の裁決は，審査請求人に裁決書の謄本が送達された時にその効力が生じる（国税通則法９８条３項）のであって，裁判所の判決と異なり言渡しはありませんから，ある日突然，裁決書が送られてきて結果を知ることとなります。
・ 国税庁ＨＰの「平成２９年度における審査請求の概要」（平成３０年６月）によれば，平成２９年度に終結した２４７５件の審査請求につき，取下げが２４７件であり，却下が１８６件，棄却が１８４０件，認容が２０２件（うち，全部認容が５４件，一部認容が１４８件）であり，認容割合は８．２％であり，１年以内処理件数割合は９９．２％です。
・ 国税庁ＨＰの「平成３０年度における審査請求の概要」（令和元年６月）によれば，平成３０年度に終結した２９２３件の審査請求につき，取下げが２６１件であり，却下が１３６件，棄却が２３１０件，認容が２１６件（うち，全部認容が１３９件，一部認容が７７件）であり，認容割合は７．４％であり，１年以内処理件数割合は９９．５％です。
(4) 国税不服審判所長が棄却裁決（国税通則法９８条２項）又は一部取消しの裁決（国税通則法９８条３項）を出した場合，地方裁判所に対し，６か月以内に更正をすべき理由がない旨の通知処分取消請求訴訟を提起する。
・ この場合，被告は国であり，処分行政庁（行政事件訴訟法１１条４項１号）は税務署長となり，法務大臣が被告の代表者となります（国の利害に関係のある訴訟についての法務大臣の権限等に関する法律（法務大臣権限法）１条）。
・ 国税不服審判所長に対する審査請求をした日の翌日から起算して３ヶ月を経過しても裁決が出ない場合，裁決が出る前であっても，取消訴訟を提起できます（国税通則法１１５条１項１号）。
・ 取消訴訟を提起した場合において，必要経費又は損金の額の存在その他これに類する自己に有利な事実につき課税処分の基礎とされた事実と異なる旨を主張しようとするときは，相手方当事者である国が当該課税処分の基礎となった事実を主張した日以後遅滞なくその異なる事実を具体的に主張し，併せてその事実を証明すべき証拠の申出をしなければなりません（国税通則法１１６条１項本文）。
また，申告納税の所得税にあっては，納税義務者においていったん申告書を提出した以上，その申告書に記載された所得金額が真実の所得金額に反するものであるとの主張・立証がない限り，その確定申告にかかる所得金額をもって正当なものと認められます（最高裁昭和３９年２月７日判決）。
・ 国税庁ＨＰの「平成２９年度における訴訟の概要」（平成３０年６月付）によれば，平成２９年度に終結した２１０件の訴訟につき，取下げ等が１８件，却下が１７件，棄却が１５４件，国の敗訴が２１件（うち，一部敗訴が８件，全部敗訴が２件）であり，国の敗訴率は１０％です。
・ 国税庁ＨＰの「平成３０年度における訴訟の概要」（令和元年６月付）によれば，平成３０年度に終結した１９９件の訴訟につき，取下げ等が１６件，却下が１０件，棄却が１４５件，国の敗訴が６件（うち，一部敗訴が３件，全部敗訴が３件）であり，国の敗訴率は３．４％です。
・ 相続、遺贈又は個人からの贈与により取得するものについては非課税とする所得税法９条１項１５号（現在の所得税法９条１項１６号）に関する最高裁平成２２年７月６日判決の事案では，長崎税務署長の平成１６年６月２３日付の再更正処分の取消しが求められました。
そして，長崎地裁平成１８年１１月７日判決（第一審判決）は納税者勝訴であり，福岡高裁平成１９年１０月２５日判決（控訴審判決）は納税者逆転敗訴であり，最高裁平成２２年７月６日判決で最終的に納税者が勝訴しました。
２ 住民税及び国民健康保険料関係
(1) 住民税の課税標準は所得税の課税標準と連動しています（道府県民税につき地方税法３２条２項，市町村民税につき地方税法３１３条２項）。
また，国民健康保険料の所得割額の賦課基準は住民税の課税標準と連動しています（国民健康保険法８１条・国民健康保険法施行令２９条の７第２項第４号及び同条第３項第４号）。
そのため，所得税について減額更正が認められた場合，これと連動して住民税及び国民健康保険料について減額の賦課決定がされますから，住民税及び国民健康保険料独自の不服申立て手続をとる必要は原則としてありません。
(2) 住民税及び国民健康保険税に関する減額の賦課決定は過去５年分についてできる（地方税法１７条の５第４項）ものの，国民健康保険料に関する減額の賦課決定は過去２年分についてしかできません（国民健康保険法１１０条の２）。
そのため，取消訴訟の請求認容判決を待っていたのであれば，平成３３年７月を過ぎてしまう可能性が高いことにかんがみ，平成３１年度国民健康保険料の賦課決定に対し，納入通知書等の受領日から３ヶ月以内に都道府県の国民健康保険審査会（国民健康保険法９２条）に対する審査請求（国民健康保険法９１条）をした方がいいかもしれません（審査請求前置につき国民健康保険法１０３条）。
(3) 所得税及び住民税の課税標準との関係で修習給付金が雑所得のままであるのに対し，国民健康保険料の所得割額の賦課基準との関係で修習給付金が非課税所得になるというのが理論上ありうるかどうかは不明です。
第２ 取消訴訟の管轄裁判所等
１ 兵庫県内の税務署長が処分行政庁となる場合，以下の地方裁判所に取消訴訟を提起できます。
① 東京地裁
・ 被告となる国の普通裁判籍の所在地を管轄する裁判所です（行政事件訴訟法１２条１項）。
・ 国の普通裁判籍は，訴訟について国を代表する官庁の所在地により定まります（民事訴訟法４条６項）ところ，「訴訟について国を代表する官庁」は法務大臣です（国の利害に関係のある訴訟についての法務大臣の権限等に関する法律（法務大臣権限法）１条）。
そのため，国の普通裁判籍は東京都千代田区にあることとなります。
② 神戸地裁
・ 処分をした行政庁（兵庫県内の税務署長）の所在地を管轄する裁判所です（行政事件訴訟法１２条１項）。
③ 大阪地裁
・ 原告の普通裁判籍の所在地を管轄する高等裁判所（原告が神戸市在住の場合，大阪高裁となります。）の所在地を管轄する地方裁判所です（行政事件訴訟法１２条４項の「特定管轄裁判所」です。）。
２ 取消訴訟は行政訴訟の一部であります（行政事件訴訟法３条２項参照）ところ，地裁支部は行政訴訟を取り扱っていません（地方裁判所及び家庭裁判所支部設置規則１条２項）。
そのため，地裁本庁に取消訴訟を提起する必要があります。
３ 東京地裁に取消訴訟を提起した場合，２民，３民，３８民又は５１民に係属し，大阪地裁に取消訴訟を提起した場合，２民又は７民に係属し，神戸地裁に取消訴訟を提起した場合，２民に係属します。
第３ 修習給付金に関する司法研修所の公式見解が絶対ではないと思われること
１(1) 司法修習生研修委託費（略称は「司法修習委託金」です。）は，弁護士会において司法修習生の弁護実務修習の指導に要する経費に充てることをその使途とするものです。
(2) 予算の示達の場面において，司法研修所ひいては最高裁判所が，司法修習委託金を消費税の課税対象と考えていなかったようにもうかがえることは，司法修習委託金が消費税の課税対象となることを妨げるものではありません（大阪高裁平成２４年３月１６日判決（判例秘書））。
また，東京高裁平成２６年６月２５日判決（平成２６年度法務年鑑１６２頁ないし１６４頁）も，司法修習委託金は消費税の課税対象であると判断しています。
２(1) 平成３０年８月２３日付の司法行政文書不開示通知書によれば，「最高裁判所が修習給付金について必要経費として控除することができる経費があるかどうかを検討した際に作成し，又は取得した文書」は存在しません。
(2) 平成３０年９月２６日付の最高裁判所事務総長の理由説明書によれば，「司法研修所では，修習給付金のうち基本給付金及び住居給付金について，必要経費として控除することができる費用が存在するか検討したが，この検討内容については，文書を作成するほどの複雑な内容のものではなかったことから，文書を作成していない」とのことです。
３ そのため，修習給付金に関する司法研修所の公式見解が絶対ではないと思います。
第４ 国税不服審判所及び税理士関係の資料
１ 国税不服審判所関係の資料
① 国税不服審判所定員細則（平成２５年７月現在）
② 国税不服審判所事務分掌規則（平成２５年７月現在）
→ 国税通則法７８条５項・国税不服審判所組織令３条・国税不服審判所組織規則８条に基づいて定められた訓令です。
③ 国税不服審判所事務分掌細則（平成３０年８月現在）
④ 国税不服審判所における行政文書の決裁委任及び発信者名義等の取扱規則（平成３０年８月現在）
⑤ 担当審判官等の指定等（審査事務提要からの抜粋）
⑥ 国税審判官（特定任期付職員）の面接試験実施要領（平成３０年１月１５日及び同月１６日実施分）
⑦ 国税不服審判所の役割・組織（令和元年７月２９日新任審判官等研修）
⑧ 国税不服審判所の支部の支所に派遣する国税審判官等の定数について（昭和４５年５月１日付の通知）
２ 税理士関係の資料
① 税理士事務提要（平成２５年６月現在）１／２及び２／２
② 税理士法事務取扱規程（平成２５年７月現在）
③ 税理士法聴聞事務取扱規程（平成２５年７月現在）
④ 税理士関係事務について（平成１４年１０月３０日付の大阪国税局の事務運営指針）
⑤ 税務相談事務に係る基本的な対応について（平成２０年９月２４日付の大阪国税局の事務運営指針）
３ その他の資料
① 課税関係訴訟事務処理要領（平成２０年６月２３日付の国税庁の事務運営指針（平成２６年６月３０日最終改正））
② 質問応答記録書作成の手引（平成２９年６月の国税庁課税総括課作成の文書）１／４，２／４，３／４，４／４
第５ 関連記事その他
１ 東弁リブラ２００９年２月号に「租税争訟における弁護士の役割」が載っています。
２ 岡山大学学術成果リポジトリに「弁護士のキャリアと国税審判官のお仕事」が載っています。
３ 行政処分に対して不服申立てができるのは，当該処分について不服申立てをする法律上の利益がある者，つまり，当該処分により自己の権利若しくは法律上保護された利益を侵害され，又は必然的に侵害されるおそれのある者です（最高裁昭和５３年３月１４日判決参照）。
４ 以下の記事も参照してください。
・ 令和元年７月採用の国税審判官の研修資料
・ 歴代の国税不服審判所長
・ 国税庁長官及び東京国税局長の事務引継資料（令和元年７月頃の文書）